Pedro de Alvarado fue estratégico al establecer nuevas alianzas con los nativos. Los pueblos indígenas que se enlistaron en su ejército provenían de los principales reinos y etnias del centro de México: mexicas, tlapanecas, acolhuas, huezotzincas y tlaxcaltecas. Asimismo, se les sumarían otros grupos que se encontraban en la ruta a seguir por Alvarado, entre ellos mixtecas y zapotecas de Oaxaca. Cuando llegaron a Guatemala, se enlistaron aproximadamente mil kaqchikeles, quienes eran enemigos tradicionales de los pipiles. Los tlaxcaltecas encontraron en los españoles a unos aliados para batallar contra sus enemigos letales, los aztecas.Alvarado utilizó exitosamente una táctica española frecuente para fragmentar y ganar provincias nativas, que radicaba en conquistar a los enemigos de los grupos que se manifestaban amistosos hacia los castellanos. Los kaqchikeles ayudaron por un tiempo a los españoles en la conquista de sus antiguos enemigos, los quichés. Otra expresión de esa táctica fue la decisión de Alvarado de avanzar, comenzando en el capital kaqchikel, para ir sobre otros de sus enemigos habituales, los pipiles de Izcuintepeque y Cuscatlán, y de esta manera extender su poder para instaurar derecho prior sobre una mayor cantidad de territorio hacia el sur.

La conquista de Guatemala y Cuscatlán fue una extensión de la conquista de México Tenochtitlán. Hernán Cortés había recibido noticias de los ricos territorios que había más allá de los linderos bajo el control de los aztecas; por ello quiso extender su potestad y dominio. La conquista de Cuscatlán y del resto del territorio del actual El Salvador no fue una acción militar rápida, sino más bien un proceso prolongado, marcado por fracasos para los conquistadores y los conquistados. Como se ha mencionado, el ejército de Alvarado era una fuerza multiétnica, compuesta por europeos, africanos y diversos pueblos indígenas. El asedio e invasión de Cuscatlán es un episodio de la conquista de Guatemala. Alvarado, al salir de Izcuintepeque (Guatemala), rumbo al sureste en trayectoria a la costa del Pacífico, desarrolló una operación de tierra arrasada, quemando poblados y sometiendo y esclavizando a sus ocupantes.

Al final del período Clásico una serie de fenómenos complejos apuntan a una situación social de evidente dinamismo con alto grado de desintegración, que se vio agravada con guerras internas, cambios climáticos, presión demográfica y competencia entre facciones, entre otros factores. En el período Posclásico, se registran diversas características que son relacionadas con la llegada de los pipiles de habla náhuat al sureste de Mesoamérica. Los migrantes trajeron sus dioses de origen mexicano, tales como Xipe Tótec, Tlaloc, Quetzalcóatl, Mictlantecuhtli, entre otros. Asimismo el cambio en el patrón de asentamiento y arquitectura se refleja en vatios de los sitios arqueológicos del posclásico, como Cihuatán, Las Marías, así como muchos de ellos ubicados en la Costa del Bálsamo, y otros en espacios del actual El Salvador. 

El sitio Joya de Cerén nos proporciona una ventana muy clara al pasado prehistórico en la cual podemos apreciar actividades familiares en la frontera del área maya. Es un sitio extraordinariamente bien preservado debido a la repentina deposición de ceniza volcánica. Esta ceniza no permitió a las personas mover artefactos y en gran parte evitó los procesos naturales de descomposición.Lo que vemos en el sitio es arquitectura doméstica sorprendente y sofisticada. La arquitectura pública era variada y generalmente de construcción muy sólida. Los artefactos dentro de los domicilios impresionan por su abundancia y en muchos casos por su elegancia y belleza. (Sheets, 2013, p.20). 

42

La zona maya que abarca Yucatán, Belice, Guatemala y Honduras, se definió durante el período Clásico Temprano (250-600 d.C. fechas para El Salvador) por el surgimiento de ciudades estado y el desarrollo de alianzas de tipo comercial e importante a través de matrimonios pacta dos entre los miembros de la élite de una ciudad estado con otras. En este lapso, se organizó Tazumal en el actual valle de Chalchuapa, una de las zonas arqueológicas más extensas de El Salvador y que por su posición geográfica se constituyó en un gran centro administrativo del occidente del país, vinculado a Kaminaljuyú (Guatemala) y Copán (Honduras).A finales del período Clásico Temprano, gran parte de las zonas occidental y paracentral del actual El Salvador fueron impactadas por la erupción de la caldera del Ilopango; desolando los actuales departamentos de San Salvador y San Vicente, algunas zonas del departamento de La Libertad, y de forma mínima la zona de Chalchuapa.

La contextualización de la cultura material ha permitido a los arqueólogos y demás científicos establecer las relaciones entre las antiguas civilizaciones asentadas en la costa del Pacífico Mesoamericano.De la misma franja del Pacífico, los hallazgos de esculturas monumentales, llamadas comúnmente Gordinflones o Barrigones, y Cabezas monumentales de jaguar, encontradas en los actuales departamentos Ahuachapán, Santa Ana y Sonsonate, establecen una relación política entre grupos mayas en el Preclásico tardío. Esto ha podido establecerse gracias a las investigaciones de la última década, en la que la escultura monumental ha sido interpretada también como un símbolo de la consolidación de los estados en Mesoamérica.En cuanto a transformaciones culturales dentro del territorio, en el período Preclásico se registró un largo proceso de sedentarización de los grupos nómadas, alrededor del cultivo del maíz, que dio cabida a la construcción de asentamientos, especialmente domésticos, como El Carmen. Este fue el inicio de la cultura agraria. En cuanto a tecnología, la cerámica encontrada en los sitios de El Trapiche, en Chalchuapa, Quelpa, en San Miguel, y en las excavaciones de un entierro de Verapaz, en San Vicente, arrojan los usos tecnológicos, políticos y religiosos de materiales como la arcilla, el jade, la obsidiana y otros minerales.

Se ha sugerido que Chalchuapa era un eslabón en una cadena de centros colonizados o dominados por los olmecas de la región del Golfo. Desde Chalchuapa supuestamente, los olmecas expandieron sus intereses comerciales a través de todo el sur de Mesoamérica. Es posible que la escultura de Las Victorias conmemora una visita de personajes principales quizás diplomáticos o mercaderes, de la tierra olmeca a Chalchuapa.Durante el período preclásico se sostiene que la zona arqueológica de Chalchuapa jugó un papel preponderante en el desarrollo cultural del sudeste de Mesoamérica, por lo que Chalchuapa con respecto al área maya no tenía un carácter periférico durante el final del preclásico, más bien había desarrollado un sistema calendárico y de escritura que sugiere que este conocimiento pudo haberse originado en esta zona del área maya.

El horizonte preclásico de las culturas mesoamericanas se divide en tres períodos:preclásico temprano, medio y tardío; a su vez en conjunto van desde el 1500 antes de Cristo 250 después de Cristo, para el caso salvadoreño. En otras regiones de Mesoamérica, varían según los hallazgos y el desarrollo de las comunidades preclásicas, según su entorno local.Los elementos que definen el período preclásico son rasgos culturales para toda el área mesoamericana, en las cuales se desarrollan las comunidades sedentarias y autosuficientes las que producían su alimento, con una base mixta de agricultura y comercio por medio de intercambio de productos. Predominaban las pequeñas comunidades agrícolas, aunque algunos grupos lograron llegar hasta el establecimiento de villas y centros ceremoniales. Es fundamental mencionar, que es en este período donde se inician las construcciones habitacionales y ceremoniales, el culto a la lluvia y al fuego, además del conocimiento de la numeración, la escritura, el calendario y otros logras que fueron los pilares de las manifestaciones culturales d ellos períodos posteriores.

Aunque deducimos que los primeros humanos ocuparon la región del actual El Salvador por vez inicial hace más o menos 10,000 años, no obstante, no se ha detectado la evidencia física de esta presencia originaria; pero hay que tener en cuenta que en los países vecinos, si se ha encontrado cultura material tan temprana como esas fechas.

Aunque deducimos que los primeros humanos ocuparon la región del actual El Salvador por vez inicial hace más o menos 10,000 años, no obstante, no se ha detectado la evidencia física de esta presencia originaria; pero hay que tener en cuenta que en los países vecinos, si se ha encontrado cultura material tan temprana como esas fechas.